Amonifikasi :
Proses perubahan Asam amino yang sudah terbentuk dikonversi menjadi ammonia (NH3).

Amonifikasi adalah proses yang mengubah N-organik menjadi N-ammonia. Bentuk senyawa N dalam jasad hidup dan sisa-sisa organik sebagian besar terdapat dalam bentuk amino penyusun protein. Senyawa N organik yang lain adalah khitin, peptidoglikan, asam nukleat, selain itu juga terdapat senyawa N-organik yang banyak dibuat dan digunakan sebagai pupuk yaitu urea.

Proses amonifikasi dari senyawa N-organik pada prinsipnya merupakan reaksi peruraian protein oleh mikroba. Secara umum proses perombakan protein dimulai dari peran ensim protease yang dihasilkan mikroba sehingga dihasilkan asam amino. Selanjutnya tergantung macam asam aminonya dan jenis mikroba yang berperan maka asam-asam amino akan dapat terdeaminasi melalui berbagai reaksi dengan hasil akhirnya nitrogen dibebaskan sebagai ammonia.

Amonifikasi adalah tahap penting dalam siklus nitrogen, siklus alami yang membuat pasokan nitrogen di bumi tersedia bagi organisme yang membutuhkannya, seperti tanaman. Seperti banyak siklus alam lainnya, siklus nitrogen dapat terganggu oleh aktivitas manusia yang dapat menyebabkan ketidakseimbangan pada berbagai tahap, kadang-kadang menyebabkan masalah lingkungan. Amonifikasi dapat menjadi daerah masalah utama dalam siklus nitrogen ketika intervensi manusia terjadi, sebagai pembangun amoniak yang dapat menyebabkan masalah kesehatan dan isu-isu lingkungan.

Proses amonifikasi merupakan hasil dari pemecahan bahan organik seperti hewan dan tumbuhan yang mati atau bahan limbah seperti kotoran. Pemecahan ini dilakukan dengan sejumlah mikroorganisme yang memanfaatkan bahan organik mati amonia energi dan memproduksi dan senyawa terkait sebagai produk sampingan dari metabolisme.

Amonifikasi klasik terjadi pada tanah, dalam lingkungan aerobik yang memberikan bakteri dan mikroorganisme yang bekerja dengan oksigen.

Sebagian besar keberadaan N2 di dalam tanah dalam bentuk molekul anorganik. Organisme yang sudah mati diuraikan melalui proses hidrolisis yang menyebabkan protein terurai menjadi asam amino. Proses ini disebut deaminasi. Proses selanjutnya, asam amino yang sudah terbentuk dikonversi menjadi ammonia (NH3) dan proses ini disebut amonifikasi. Amonifikasi dibantu oleh beberapa mikroorganisme seperti bakteri dan jamur.

Amonia merupakan senyawa dalam bentuk gas, pada tanah yang kering mudah menguap, sebaliknya pada tanah yang lembab/basah ammonia terlarut dalam air dan membentuk ion ammonium (NH4+ ). Selanjutnya ion amonium dapat digunakan oleh bakteri dan tumbuhan untuk sintesa asam amino.

Walaupun demikian, pemanfaatan nitrogen oleh kebanyakan tumbuhan umumnya dalam bentuk NO3- karena NH4+ akan dioksidasi menjadi NO3- oleh bakteri nitrifikasi. Disamping itu ammonium/ammonia ini bersifat racun bagi tumbuhan dan dapat menghambat pembentukan ATP di kloroplas dan mitokondria.